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【教會墮落的徵兆】遠在初代使徒們尚未完成他們立好教會根基的使命之前，新約聖經給我們看見，初期的教會已經有一些墮落的徵兆存在。無可諱言的，這些徵兆都是源起於撒但利用人性的弱點和天然的觀念，來破壞神對於教會的計劃，使她不能維持原初那純正與合一的性質。茲從新約聖經列舉一些實例如下：
(一)在教會中開始有人企圖假冒為善，在外表上與別人的作法一致，但實際上卻是欺哄聖靈(參徒五1~11)。
(二)在教會中開始有人追求聖靈的恩賜，目的只是要滿足他們個人的私慾(參徒八18~24)。
(三)在教會中開始有人注重禮儀、規條，以禮儀、規條來分門別類(參徒十一1~3)。
(四)開始有人過問別地教會對禮儀、規條的看法與作法，企圖強迫別的教會接受其看法與作法(參徒十五1~5)。
(五)使徒預言將必有人從教會內外起來，被仇敵利用，破壞並分裂神的教會(參徒廿29~30)，後來果然應驗(參羅十六17~18；多三10~11)。
(六)在教會中開始有人高舉主的工人過於聖經所記，以致彼此分黨、分爭(參林前一10~12；四6；十一18~19)。
(七)教會的治理不善，容忍罪行、罪人，不能伸張公義，以致聖徒之間的糾紛，須求助於教外不義的人(參林前五1~2；六1)。
(八)教會的聚會沒有規矩、不按次序，擘餅聚會時藐視主的身體(參林前十一20~34)，在運用恩賜的聚會中爭相顯揚自己所得的恩賜，又癲狂、又混亂(參林前十四章)。
(九)行律法主義者在教會中佔上風，有些地方教會深受他們的左右、影響(參加一6~7；三1~3)，竟至連初代使徒們也怕他們，在眾人面前裝假(參加二11~13)。
(十)有假先知、假師傅、假使徒，引進異端，連買他們的主也不承認(參彼後二1；猶4~16；啟二2)；又有好些敵基督的出來了(約壹二18~19)。
【主對教會墮落的預言和應驗】在啟示錄第二至三章裏，主耶穌曾藉使徒約翰寫信給七個教會，內中所描述的，固然是當時在眾教會中所發生的一些事實，但也藉此預言神的教會將要發生的歷史，亦即教會將如何墮落的演變過程，後來果然一一應驗，所以我們若要明瞭教會墮落的實情，便須從啟示錄二、三章來領取主的教訓：
(一)在教會中有所謂「尼哥拉一黨人的行為」(啟二6)；「尼哥拉」的字意是「爬在平信徒之上」，故這裏是指「居間階級的行為」。在教會中有一班人自以為高於平信徒，在那裏包辦所有屬靈的事務，遂有居間階級的產生，後來演變而成為羅馬天主教的神父制度，英國安立甘教會的聖品制度，更正教的牧師制度。
(二)在教會裏面有「撒但座位之處」(啟二13)；撒但原只在世界裏頭有權柄(參路四5~6)，如今因為教會與世界聯結(「別迦摩」的字意是「結婚」)，以致牠在教會裏面能夠為所欲為。自從主後第四世紀，羅馬皇帝康士坦丁實施政教合一以來，世界的影響力滲入了教會。
(三)在教會裏面有了「巴蘭的教訓」和「尼哥拉一黨人的教訓」(啟二14~15)；原先在教會中只有「斂財」和「居間階級」的行為，如今竟發展出一套道理教訓來。由此，各樣的異端教訓不斷出現。
(四)在教會裏面有了「耶洗別的教訓」，「就是撒但深奧之理」(啟二20，24)；原先在教會中雖然有一些異端教訓，但神的話仍在大部分的主僕心中，居於至高無上的地位，如今人的話──教皇的諭旨和大公會議的決議──逐漸取代了神的話的地位，以致教會失去了貞潔(行姦淫)，在神之外另有敬拜(吃祭偶像之物)。
(五)教會的行為按名「是活的，其實是死的」(啟三1)；改教運動所帶來真理的恢復，只止於道理、字句，而缺乏靈的實際。
(六)在教會裏面充滿了「眾人的意見」(「老底嘉」的字意)，以致行為也不冷也不熱(啟三14~16)；教會為了迎合眾人的意見，卻不知不覺得罪了主。
(七)教會在主面前的光景非常可憐，卻又不自知，反以為是富足，以致不知不覺將主關在門外(啟三17，20)；末後的教會，在道理、知識上非常豐富，但在心靈、生命上卻空虛貧乏。
【中古以前教會墮落的事實】根據教會的歷史，我們看見教會有了如下墮落的事實：
(一)引進異端思想：使徒時代之後，第二世紀至第四世紀初葉的教會，外面有來自羅馬帝國的逼迫，內部有異端思想的困擾，而後者帶給教會的危害，遠勝於前者。初期教會的異端思想，大體上可分為下列數種類別：(1)猶太化(高舉舊約)的異端思想；(2)混合採納異教教義和希臘哲理的異端思想；(3)反對猶太化(完全摒棄舊約)的異端思想；(4)信仰上有偏差的異端思想。
(二)引進階級制度：早在第二世紀，著名的革利免(Clement)，就已經倡議把猶太教的祭司制度引進教會裏面了。約在同時，又安提阿的依格那丟(Ignatius)，認為「長老」是管理一地教會的，而「監督」則是管理地區(即複數地方)教會的，這是「主教」制度的起源。到了第三世紀，異教徒出身的迦太基主教居普良(Cyprian)，極力主張在教會中應有聖職人員與一般信徒的區分，因乃促成了有上下級組織的基督教。接著到了第四世紀末葉，因為著名神學家奧古斯丁(Augustine)的鼓吹，就形成了大公教會(Catholic
Church)，主教之上更有大主教、教長等的階級。到了第五世紀，終於有最高階級的教皇(Pope)產生出來。
(三)教會與世界聯合：第四世紀，康士坦丁接受基督教，強迫國民改信基督教，由是教會與羅馬帝國聯合，這就是所謂的「政教合一」。從此，世界的勢力進到教會的裏面，而教會也變質成了馬太福音第十三章的那一顆大樹了(參太十三31~32)。
(四)造成了人為的教會統一：羅馬天主教的正式產生，是在第五世紀裏的事。在此之前，各地區的主教各自為政，是彼此平等的，並沒有一位主教高於另一位。後來由於奧古斯丁在「神之城」一書中，強力主張「以一人為元首的大公教會是惟一的教會」，基督教遂受其影響，而羅馬是羅馬帝國的第一大城，故逐漸地，羅馬主教的地位超過其他地區的主教。至主後440年，羅馬教皇利歐一世(Leo
I)成為許多歷史家公認的第一任普世教皇。
(五)引進了祭拜偶像的惡俗：本來神的子民是不許跪拜任何形像的(參出廿4~5)，但羅馬天主教卻引進了異教徒拜偶像的風俗，他們不只為主耶穌作出形像來拜祂，還作出聖母馬利亞、聖使徒彼得、保羅等，以及殉道聖徒們的偶像來拜，又作出各種十字架來給人跪拜。
(六)剝奪一般信徒讀聖經的權利：本來聖經是信徒行事為人的最高準則，但羅馬天主教藉口防止一般信徒誤解、濫用聖經，竟把聖經封鎖了起來，只准神職人員閱讀。這樣，神職人員任意曲解聖經，以人意取代神旨，「教皇無誤論」，教皇的斷案就是神的斷案。
(七)教會陷入黑暗：因著神的話在教會中失去了該有的權威，大體上，整個教會的光景充滿了黑暗。當權的神職人員不但自己胡作非為，犯罪作惡，藉機斂財，對於清心愛主的忠良，設立「異端裁判所」來加以迫害。教會至此已墮落到極點。
【中古以後教會分裂的事實】第十六世紀馬丁路德的改教運動，一面給教會帶來了一線曙光，一面卻也加速了教會的分裂。本來基督教界僅有羅馬天主教和希臘東正教兩大派，加上有數的幾個小派，但改教之後，教會一分再分。下列所舉，乃教會分裂的主要因素：
(一)因道理而分：對於某種真理有獨特的見地，而產生了特別的信條，自成一會以與其他基督徒分開，如：安息日會、信義會、聖潔會。
(二)因屬靈偉人而分：對於某一屬靈偉人特別尊重、崇敬，以其為中心，團結一些追隨者以與其他基督徒分開，如路德會、衛斯理會等。
(三)因教會的制度而分：對於教會的某種制度特別著重與堅持，因而與其他的基督徒分開，如：長老會(以長老治會為制度)、公理會(主張堂會制度)。
(四)因禮儀而分：注重某種禮儀，如：浸信會。
(五)因各種新興運動而分：如：神召會、五旬節會、葡萄園教會。
(六)因對原來的教會團體有異議而分：如：耶穌教會、真耶穌教會、真真耶穌教會。
(七)因國籍而分：如：英國聖公會、中華基督教會。
(八)因地區、省籍而分：如：美國南方浸信會。
(九)因種族而分：如：在美國有清一色的黑人教會、白人教會、華人教會。
(十)因語言而分：如：國語禮拜堂、台語教會、廣東話教會。
(十一)因階級而分：在某些地方，有所謂的「專業」教會。