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【巴斯德的發現推翻了『自然發生說』】物腐蟲生是吾人常有的經驗，所以自古以來許多人都相信，只要有合宜的環境，生物便可以由無生物自動而發生，這便叫作「自然發生說」(Spontaneous generation)，或名「無生源論」(Abiogenesis)；但另一些科學相信生物只能由生物而產生，叫作「生源論」(Biogenesis)，雙方爭論非常激烈。自法國科學家巴斯德(Pasteur，1822~1895)等人的實驗證明，在沒有暴露含菌空氣的瓶子裏產生不出生物，於是自然發生說(無生源論)被推翻，「生源論」被確立；「生命來自生命」，便成為生物學中最基本的原則。
進化論者為要貫徹他們的唯物見解，必須說地球上第一個生命(細胞)必定由無生物而產生，並且猜想或許原始的環境與現在不同；但不管他們在實驗室裏怎樣模擬原始環境，仍然無法從化學品中產生一個最小單位的生物。所以哈佛大學生物學教授諾貝爾得獎人華氏(George
Wald)說：「現代生物學者大多滿意於接受自然發生論之被推翻，但仍不願接受二者必須擇一的創造論，所以腦子裏空空一無所是。」
【有害的基因突變】生物是藉著基因(Genes)的DNA來遺傳其特性；進化論者認為生物由於遺傳基因的突變，因之產生許多不同的個體，以供自然環境的選擇或淘汰。這是進化論的基本觀念。但科學事實告訴我們：(一)突變是罕有的：生物學教科書上說：「某一基因在微生物中的自動突變，在一百萬次至十億次細胞分裂中僅有一次。」(二)而基因的突變又是有害的：「大多的突變，遠在百分之九十九以上，是在某一方面有害的，好似失事的效果相同。」(三)突變也是無定向的：「突變與重組係全屬機械性，對於生物的需要毫無關係。」
遺傳學家的研究結果證明，基因的突變只會使物種機能減弱，易受環境淘汰。也就是說，突變只會使物種退化而非進化，並且對原物種的數量無實質的影響，這個現象適與進化論者的想像相反。
【發現所謂『退化器官』實則有用】人體中有些器官看來似乎沒有用處，例如：盲腸、扁桃腺、副甲狀腺、尾椎骨等。進化論者認為這是人類進化的遺跡，這些器官已往是有用的，後來人類漸漸進化，那些器官就因無用而退化萎縮，成為殘餘的器官，起頭時他們共舉出有二百七十七種之多。但是，現今醫學已逐步澄清這項誤會，從前以為無用的殘餘器官，其實都在人體上扮演與其他器官同等重要的角色。
盲腸(Appendix)控制腸內一部份的植物纖維，並擔任大腸組織的抗菌工作；扁桃腺(Tonsils)提供白血球細胞到咽頭去消滅對人體有害的細菌；副甲狀腺(Parathyroid
Glands)負責調節鈣和磷酸鹽在血漿中的平衡作用；至於曾被人誤以為是尾巴退化證據的尾椎骨(Coccyx
Bone)，也在人體內輔助肛門括約肌(Sphincter)，幫助大腸排泄。
【不曾見到任何新生的進化器官】進化論者認為進化作用是永不止息的，現在仍在進行中。這樣，我們應該在生物體上普遍觀察得到新生而尚未完成的器官(Nascent Organ)纔對，但事實證明，不但現今科學沒有發現這種進化器官，就連在化石裏面也找不著這類器官的存在。
根據常理推論，假若生物器官需要很久時間纔能漸漸完成，則在尚未完成之前，因為它不能發生功效，不但無益於該個體的生存，反會成為該個體生存的累贅。在新器官尚未完成之前，有此尚未完成的新器官的個體便會受淘汰，則新種怎能產生？進化論者難於自圓其說。
【人類胎兒鰓狀物的功用】各種動物都發源於一個受精的卵。人類的胚胎，其發展過程與其他動有相似之處，進化者稱它為「重演祖先進化的各個階段」。人類胚胎的發育，有一個時期是浸在羊水中，頭部有像弓形的魚鰓的形態，進化論者就以為這就證明了人類祖先曾經過魚類時期。但現經研究胚胎在羊水中發育與魚類在水中生活的情形完全不同，羊水中沒有氧，但有營養料；胎兒的鰓狀物，其功用不同於呼吸，乃在於吸收養料，與魚鰓的作用完全不同。
【不進化的『活化石』】古時有許多的生物，被沉積物所埋沒，沒有腐爛的機會，歷久成為「化石」，又稱「古生物」。將化石的古生物加以分類，可達十萬種以上，彼此有明晰的分別，並沒有進化論所需的許多中間過渡形態的狀況(即缺環)。不但如此，許多所謂有數億年年齡的化石，與現在尚生存的物種相同，外形還沒有改變。這些物種叫作「活化石」，即根據進化論本該早已消滅的，但如今仍舊一成不變地持續生存著。如貝類、鴨嘴獸、蠔、兔子、袋鼠、澳洲的肺魚...等等，都被認為是極古老的活化石
進化論的原則所謂自然淘汰──不改良即消滅。但「活化石」既不改良也不消滅。我們該自問：倘若生物進化是宇宙中不移的定律，「活化石」經過這樣冗長的時間，怎能不進化？又怎能不消滅呢？
【生物界是『非連續體』】根據進化論，一種生物能進化到另一種較高等的生物，並且進化作用是極緩慢的，則中間必有許多微小差異的中間型的生物存在，種與種之間無法明晰區分。但生物學家告訴我們：「實則，我們或在今日的生物界中，或在過去地質時代的生物界中，都找不出逐漸遞變的證據。我們實際所找到的，乃是相異而可明晰區分的物種。雖然一種之內有次種、突變、族類等情形，但仍不影響種與種之間沒有過渡階段的事實。若有遞變，則這些過渡型生物是該找得到的。所以生物界，不論現在的或是過去的，不是連續體(Continuum)，乃是非連續體(Discontinuum)。根據進化論，生物該是連續體，但科學事實卻告訴我們，生物界乃非連續體。
【數學或然率否定進化機遇說】進化論者聲稱，有機物最初由無機物經由機會碰撞而自然產生。他們假設最初無機物碰巧生成氨基酸(Amino Acids)，那氨基酸又碰巧生成蛋白質(Protein)，而蛋白質又碰巧生成細胞(Cell)。一切都是那麼自然，碰巧產生新品種。
事實上，氨基酸非常容易被自然界所毀滅，它被紫外線或電擊毀滅的概率，遠超過它形成的概率，所以無法多量生產。此外，氨基酸若要形成蛋白質，必須要能排列成一定組織的次序纔行。平均每一個蛋白質需要有數百至數千個氨基酸單位。所以若要氨基酸自然地排列成有系統的組織，它形成蛋白質的或然率至少是一字的後面加數百個零，幾億萬兆分子之一，這是一個很不可思議的機遇。
再者，有理論生物學家以極優厚的條件假設，把地球上所有的碳、氫、氧、氮用來供做氨基酸，並且蛋白鍵(Peptide
bond)的合成按閃電般的速率進行，不合用的排列也按等速分解，直到有合用的排列出現為止；那麼，這種蛋白分子出現的或然率，若換算成時間，則照進化論者所說地球的年齡約有四十億年，至多只能碰出一個蛋白分子。而理論上最起碼的生命機能需要有239個蛋白分子，全部所需時間比任何人所估計的宇宙年齡都大。所以按數學的或然率來看，生命基礎自然發生的機遇是無限小，意即根本就不可能發生。
【熱力學第二定律】進化論者既然堅持生物由非生物而產生，所以他們認為在有生命的細胞之前，必有一段悠久的化學進化歷程：簡單的化學分子，漸漸自我組織成為複雜的有機分子；複雜的有機分子，自我組織成為種類繁多的蛋白質；種類繁多的蛋白質，自我組織成為有生命的細胞。(注意：一個細胞的構造與機能，遠較世界上任何一個化學工廠複雜微妙。)
然而，上述的設想恰與著名的科學定律──熱力學第二定律──相衝突。熱力學第二定律說，自然作用的效果，如無外來的理智干涉，乃是由組織至分解，由秩序至混亂的。簡而言之，即使一切建築材料均齊備，若無理智的設計建造，而任憑自然的作用──風吹、雨打、水沖、雷轟、地震、日曬...等等，則永遠無法將它們變為一所房子。
【熱力學第一定律】在科學上另有一條根據於科學事實的定律，叫作「熱力學第一定律」，是極基本的定律，在中學教科書中已有提及，便是說，宇宙間物質與能的總量不變，無論人工或自然的作用，不能使之增加或減少。那麼，原始的物質與能由何而來？若有人否認一位超自然的創造主所創造，則他必須說宇宙間的物質與能是自生自有的，這適與熱力學第一定律相違背。所以即使有人死心塌地去附從進化論，他對萬物「進化」所基的物質與能的來源仍然一無所知，仍然走不出思想的死胡同。
理論必須基於事實，不可與事實衝突。達爾文的進化論既然與科學事實衝突，便只是一個站不住腳的幻想而已。所以將進化論作為事實去宣傳，這是對知識分子理智上的侮辱。